An der zweiten Station, der Heegermühler Schleuse (2) , wird ein Problem beim Bauen des Kanals sichtbar: Der Höhenunterschied zwischen Havel und Oder beträgt mehr als 30 Meter.
Sollte eine Verbindung zwischen beiden Flüssen hergestellt werden, durfte kein Wasser abfließen.Tore mussten das Wasser so aufstauen, dass eine ausreichende Wassertiefe
vorhanden war und die Schiffe nicht auf Grund liefen. In einem zweiten Schritt kam es darauf an, die Transportkähne einige Meter nach unten zu befördern. Das Grundprinzip der
Schleuse war zwar bekannt, aber der Ausgleich von drei bis vier Metern Höhenunterschied pro Schleuse stellte eine schier unlösbare Aufgabe dar. Verwertbare Erfahrungen für solch
ein Gefälle gab es selbst im Wasserbau kundigen Holland nicht.
Unter Kurfürst Johann Sigismund konnten die Arbeiten so weit abgeschlossen werden, dass 1609 das erste Schiff den Kanal befuhr. Um 1620 existierten bereits 11 Schleusen.
Zwischen dem Ostseehafen Stettin und dem preußischen Berlin gab es nun endlich eine schiffbare Verbindung. Baustoffe, Holz und andere Güter mussten nicht mehr über holprige
Straßen und Feldwege transportiert werden. Die kurfürstliche Wasserbehörde konnte nun aber auch Zoll- und Schleusengeld einfordern und einnehmen.
Doch das hielt nicht lange an. Während des Dreißigjährigen Krieges (1618 bis 1648) versandete der Kanal im wahrsten Sinne des Wortes zusehends. Das Wasser floss ungehindert in
Richtung Oder, das Kanalbett füllte sich mit Schlick und Erde, der Wasserstand der Havel sank, so dass auch diese nur noch bedingt schiffbar war. Dörfer und Städte wurden
abwechselnd von den unterschiedlichen Truppen gebrandschatzt. In vielen Orten überlebte weniger als ein Zehntel der ursprünglichen Bevölkerung.